Спрашивали? Отвечаем! Электронная подпись для ФНС.

Примет ли ФНС документы, подписанные одной цифровой (электронной) подписью одним контрагентом? Нам удобнее их либо распечатывать, либо пересылать как есть. Так можно?

Нет.

Нельзя так же:
Распечатать электронный документ и подписать его.

Потому что:
При распечатывании документа, создается его дубликат. Который есть «двойник» первичного электронного документа. То есть будет два оригинала документов одной хозяйственной операции (Один в электронном виде, другой на бумаге). Это есть прямое нарушение ст.9 п.1 Федерального закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ "О бухгалтерском учете".

Но даже при таком раскладе ни один из данных документов не будет содержать подписей всех сторон, а ФНС такие документы не принимает!

Что же делать?
Вариант 1. Распечатать документ , подписать его и отправить поставщику в 2-х экземплярах для подписания в бумаге и отправке вам обратно «вашего» экземпляра.
Вариант 2. Всем участникам данного документооборота подключиться к оператору электронного документооборота (ЭДО) и обмениваться документами в электронном виде, с обеспечением юридической легитимности.